O processo para fazer um CT-e de Complemento é semelhante ao CT-e Normal, mas existe uma pequena diferença, ao fazer um CT-e de Complemento você deve já ter emitido um CT-e Normal pois iremos precisar da Chave do CT-e Normal para fazer o CT-e de Complemento. Para verificar a chave, pesquise o CT-e Normal que foi emitido. Feito isto clique no botão "Novo", depois no campo Tipo de CT-e escolha a opção Complemento, alguns campos serão parecidos da tela de CT-e do tipo Normal, o campo que ira fazer a diferença é o de CT-e Complemento/Anulação.

Com a tela aberta algumas outras abas serão habilitadas diferente do CT-e Normal, tais elas como "Pessoa", "Impostos", "Dados Compl.", "CT-e Complemento/Anulação", "Cobrança" e "Serviço Vinculado".

A aba que vai nos interessar para fazer o CT-e de Complemento é a aba "CT-e Complemento/Anulação", é nela que quando você clicar no botão "+" para adicionar terá alguns campos para preencher.

Chave CT-e -> Aqui você vai informar a chave do CT-e Normal

Vl. Total Serviço -> Você ira colocar o valor do CT-e

*Situação Tributária -> Selecione a Situação Tributária que se adequá a sua empresa, qualquer dúvida sobre essa questão basta consultar o seu contador. 

*Dependendo da situação tributária selecionada, ela pode habilitar outros campos como "Vl. BC ICMS", "Alíquota ICMS(%)", "Vl. do ICMS", "Redução da BC ICMS(%)" e "Vl. do Crétdito".

Depois de devidamente preenchido clique em no botão "Incluir", feito isto clique em "Salvar" ou "Salvar e Enviar"